超分辨率显微镜

SRX软件

测量分析帮助研究人员快速、轻松地分析收集到的分子定位数据

用SRX软件进行定量分析

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分析

生物成像是一门定量学科

虽然图像本身可以在视觉上给人留下深刻印象,并提供定性、描述性的信息,但生物成像更侧重于定量测量。定量测量允许科学家测试和检验假设,并进行数据驱动的实验。

定位显微镜在一段时间内产生一套精确的分子定位数据。然后使用这些数据创建图像。定位数据允许对样品中的分子位置进行直接定量分析,提供了一种与基于图像的技术(如STED和SIM)根本不同的分析类型。

SRX接口与聚类分析,测量模式,和图形。

SRX软件中可用的测量类型

SRX软件提供了许多工具,以允许用户基于所获取的本地化数据的统计分析来执行测量。测量包括空间分布,集群分析,共定位,分辨率分析,实时细胞分析和用于建模的控制数据的产生。

空间分布

检查定位数据空间分布的实验是一种基本的分析,可以作为其他分析级别的前奏。空间分布测量提供了关于细胞不同区域内局部密度的有价值的信息。比较细胞区域间的定位分布差异或同一细胞区域在不同处理或条件下的差异,可以为分子组成提供有用的见解,并为理解途径和分子功能提供有价值的推断。用于分析分布的工具包括Ripley 's K,对相关和最近邻。

聚类分析

分子通常形成簇状,通过空间分布分析很容易识别。聚类的潜在存在通常是假设或假设在实验之前,基于其他光学显微镜的发现,如共聚焦。

存在于团簇中的分子的意义可能与它们的结构作用、功能作用或两者兼具有关。在特定的环境下,由于细胞条件的改变,可能会形成集群。在不同的条件下,团簇也可能改变成分。团簇的形成和组成也可能与其他团簇或分子有关(参见共定位)。

聚类分析提供了对样本中观察到的聚类的更详细的分析。聚类分析对话框允许用户设置聚类分析的参数,如粒子类型、簇大小和粒子计数,并具有显示功能,以帮助可视化聚类形成,并有各种测量参数查看和输出到。csv或。mat文件。集群可视化也可以显示在主SRX可视化窗口中,并可以用来过滤数据。

聚类分析测量包括粒子计数、聚类面积、聚类密度、聚类大小(体积)、质心位置和主成分分析。

Co-localization

共定位是聚类分析和空间分析的自然延伸,允许用户检查不同类型分子的聚类关系以及不形成聚类的分子之间的关系。

群集分析对话框允许用户配置不同群集类型的分子的测量。输出显示了共同定位测量,表格数据的图形显示,以及在SRX可视化窗口中显示图像。可以在.csv和.dat格式中输出共定位数据。

共定位测量包括Mander的重叠系数、强度相关商、对相关、最近邻、联合直方图和Storm-RLA聚类分析。

Live-Cell分析

活细胞实验通常需要量化粒子或粒子簇(物体)随时间的位置变化。活细胞分析跟踪粒子位移和显示他们的运动随时间。

然后,可以从这些数据生成距离、速度和角度分布直方图,以协助分析。图形显示和移动图可以输出为图像,表格数据可以输出为。csv和。mat文件。