蛋白定量

非靶向蛋白定量的典型挑战是周期时间(定义色谱峰分辨率)，选择的离子的唯一性来确定肽的数量(选择性)和系统灵敏度(定量低丰度化合物)。ms方法提供了全面的定量结果，但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。质谱/质谱(DIA)为基础的定量提供了优良的选择性，但降低了灵敏度。

TIMS-PASEF^®基于无标记定量（PASEF）^®-LFQ）结合了这两种方法的优点。TIMS提供了额外的分离维度，大大提高了选择性，而TIMS细胞的预浓缩效应提供了更高的灵敏度。PASEF^®循环时间与狭窄的纳米uhplc峰兼容，而其速度(>100 Hz MS/MS)与传统DDA方法相比大大提高了母离子选择的重复性。
在这种情况下，timsTOF Pro独特的4D-MBR方法可以以前所未有的灵敏度克服缺失值问题。

在某些情况下，高度复杂的样品或短梯度分析，100 Hz MS/MS的填充率不足以在一大批分析中重复选择相同的离子

在这种情况下，可重复的碰撞横截面测定(流动性)使4D-Match Between Runs (MBR)能够最大限度地从标签自由定量实验中量化蛋白质的数量，同时保持高通量样品分析的最高置信水平。最新的PEAKS和MaxQuant版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应的LC-MS154申请须知．

走向未来：引入dia PASEF^®
对于数据独立获取(DIA)， DIA - pasef^®利用分子质量和迁移率之间的相关性来瞄准最密集的肽区。额外的维度导致选择性增加，灵敏度增加和周期缩短。了解更多关于如何使用pasef的信息^®推动4d蛋白质组学™的极限，阅读我们的LC-MS157应用注释．

最大数量数据处理
流行的、功能强大的开源软件MaxQuant完全支持PASEF^®-LFQ数据支持高级定量、可视化和报告。

高级软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据：包括Skyline、基因数据、完整的蛋白质度量套件、吉祥物蒸馏器

峰值数据处理
peak Studio通过从tims数据文件中提取高性能特征，在基于肽的蛋白质鉴定、无标记定量和DeNovo测序方面获得高质量的结果。多种复杂的可视化和输出功能允许用户审查，分享或细化从多个蛋白质组学分析的结果。

timsTOF Pro在数千次注射中提供可持续性能的独特能力，结合增强的LFQ性能，使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键^®-LFQ方法已经被一些最强大的软件套件支持。