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蛋白定量

准确的相对蛋白定量是定量蛋白质组学的基础之一。这对于正确理解生物组件或生物标记面板发现实验是至关重要的。

量化更多的蛋白质

开发以满足样品限制和生产量的要求

准确的相对蛋白定量是定量蛋白质组学的基础之一。这对于正确理解生物组件或生物标记面板发现实验是至关重要的。布鲁克蛋白质组学解决方案提供的速度、选择性、灵敏度和健壮性的独特组合,使用户能够在有限的数量和/或较短的梯度时间内获得更多蛋白质的可靠定量信息。

PASEF®-LFQ和4D-Match Between Runs (MBR):从两个世界得到最好的

非靶向蛋白定量的典型挑战是周期时间(定义色谱峰分辨率),用于确定肽量的离子的唯一性(选择性)和系统灵敏度(定量低丰度化合物)。基于质谱的方法提供了全面的定量结果,但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。基于质谱/质谱(DIA)的定量以降低灵敏度为代价提供了优良的选择性。

基于TIMS-PASEF®的无标记定量(PASEF®-LFQ)结合了这两种方法的优点。TIMS提供了额外的分离维度,大大提高了选择性,而TIMS细胞的预浓缩效应提供了更高的灵敏度。PASEF®周期时间与狭窄的纳米uhplc峰兼容,而其速度(>100 Hz MS/MS)与传统DDA方法相比,大大提高了母离子选择的重现性。
在这种情况下,timsTOF Pro独特的4D-MBR方法可以以前所未有的灵敏度克服缺失值问题。

三蛋白质组混合物的无标记定量结果。总负荷为150ng,以60分钟梯度分离。PeaksX用于处理,珀尔修斯用于显示。

输入第四维度

在某些情况下,高度复杂的样品或短梯度分析,100 Hz的MS/MS填充率不足以在大量分析中重复选择相同的离子

在这种情况下,可重复的碰撞截面测定(移动性)使运行之间的4d匹配(MBR),最大限度地从无标签定量实验中定量的蛋白质的数量,同时保持高通量样品分析的最高水平的置信度。4D-MBR方法被最新的peak和MaxQuant版本所支持。阅读我们的相应的LC-MS154应用注释

走进未来:引入dia-PASEF®
对于数据独立采集(DIA), DIA - pasef®利用分子质量和迁移率之间的相关性,靶向最密集的肽区域。额外的维度导致增加选择性,增加灵敏度和更短的周期时间。更多关于dia-PASEF®如何突破4d蛋白质组学的极限的信息,请阅读我们的LC-MS157应用注释

dia-PASEF®定量结果(处理与Biognosys 's Spectronaut™)蛋白水平定量结果,3蛋白组消化的无标签实验。8500多个蛋白质,涵盖5个数量级的浓度可以鉴定和定量。

高级蛋白质组学处理软件

MaxQuant数据处理
MaxQuant,流行的,强大的,开源软件完全支持PASEF®-LFQ数据,使先进的定量,可视化和报告。

高级软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据:这包括天际线,基因数据,完整的蛋白质指标套件,吉祥物蒸馏器

峰值数据处理
PEAKS Studio由tims数据文件的高性能特征提取提供动力,在基于多肽的蛋白质鉴定、无标签定量和重新测序方面获得高质量的结果。多种复杂的可视化和导出功能允许用户审查、分享或改进来自多种蛋白质组学分析的结果。

为高通量临床研究做好准备

timsTOF Pro的独特能力,在数千次注射中提供可持续的性能,结合增强的LFQ性能,使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量的关键,一些最强大的软件套件已经支持PASEF®-LFQ方法。

Evosep One/timsTOF Pro用于临床蛋白质组学:连续100次注射50 ng Hela细胞消化分离6分钟梯度(200个样品/天的方法)的重复性和性能水平。左:100跑的强度相关。中间:LFQ结果说明。右:可重复测量不同浓度水平的物种。