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霰弹枪蛋白质鉴定

深度和速度:霰弹枪蛋白质组学的突破

霰弹枪蛋白质组学的突破

深度和速度:霰弹枪蛋白质组学的突破

自下而上的蛋白质鉴定始终是生物MS实验中最苛刻的任务之一,需要峰值容量,速度和敏感性的组合,从消化的蛋白质的高度复杂混合物中尽可能多的肽。TIMSTOF Pro的独特捕获离子移动光谱(TIMS)能力增加了额外的分离尺寸,导致前所未有的峰值容量和灵敏度,并使PaseF®(并行累积串行碎片)工作流程为> 100Hz MS / MS,没有灵敏度或解决损失,全部运行100%占空比。

TIMS-PASEF解决方案

TIMS-PASEF®解决方案

复杂性问题
在典型的霰弹枪蛋白质组学实验中,来自超过一百万个蛋白质形式的肽,覆盖高达10个浓度级别的级别通过纳米LC分离,通常使用2小时梯度。这代表了质谱仪的重大挑战,该质谱仪必须尽可能多地检测,分离和碎片作为数百万份的数百万份。为了产生广泛的蛋白质识别信息,将离子迁移性添加为分离的额外尺寸,具有显着增加峰值容量的潜力。但是,这不得损害速度或敏感性。

Tims-Pasef®.
TIM的独特设计使得PaseF®方法能够从离子迁移率的集中分组从离子迁移率的宽度,宽度为2-5毫秒,从而实现MS / MS采集速度> 100Hz和接近100%的占空比。因此,在速度和灵敏度的增加之上获得额外的分离,而TOF分析仪允许在所有MS和MS / MS速度下维持超高MS / MS分辨率。

并行累积串行碎片(PaseF®)。PaseF®策略在TIMSTOF Pro仪器中累积,而在第二次时段是串联洗脱肽物种的同时累积。

PaseF®用于深蛋白质组学研究

具有PaseF®的TimStof Pro导致特殊的蛋白质识别性能和分析深度。当与纳米型纳米流量UHPLC和Captivespray离子源耦合时,TIMSTOF Pro可以常规地鉴定超过200ng的5000个蛋白质基团,其与90分钟梯度分离的Hela细胞消化。

PaseF®为了提高霰弹枪蛋白质组学的吞吐量
现象速度可用于降低梯度时间并增加吞吐量,同时保持前所未有的分析深度。接近4000个蛋白质基团可以从100ng的Hela细胞摘要中鉴定为30分钟的梯度。

标准PaseF®方法:1.1第二个循环时间,包含10个TIMS分离事件。平均而言,在每个TIM分离事件中执行12毫秒/ ms。

pasef®增加蛋白质识别敏感性

源于TIMS分离的显着敏感性增加使得能够进行新的低浓度样本的可能性。使用标准PaseF®方法,具有额外调谐,12NG用60分钟梯度分离的Hela细胞摘要,鉴定超过2900个蛋白质组。

理想的临床蛋白质组学伴侣
Pasef®最终允许临床蛋白质组学成为现实。系统的速度和敏感性的组合可重复鉴定1400多个HeLa细胞蛋白基团,从5分钟注射用5分梯度分离。

三种蛋白质组混合物的无标记量化结果。总蛋白质负荷为150ng,用90min梯度分离。MaxQuant用于处理。