鸟枪蛋白鉴定

复杂性问题
在一个典型的鸟枪蛋白质组学实验中，100多万个蛋白质组的肽，浓度高达10个数量级，通过纳米LC分离，通常使用2小时的梯度。这对质谱仪来说是一个重大的挑战，质谱仪必须检测、分离和分割尽可能多的产生的数百万肽。为了产生广泛的蛋白质识别信息，增加离子迁移率作为分离的额外维度，有可能显著增加峰容量。但是，这不得损害速度或灵敏度。

tims-pasef.^®
TIMS的独特设计实现了PASEF^®方法：从离子迁移率池中洗脱浓缩的离子包，宽度为2-5 ms，使ms/ms采集速度>100 Hz，占空比接近100%。因此，在速度和灵敏度增加的基础上获得额外的分离，而TOF分析仪允许在所有MS和MS/MS速度下保持超高MS/MS分辨率。

带PASEF的timsTOF Pro^®导致卓越的蛋白质鉴定性能和分析深度。当与纳米洗脱纳米流UHPLC和CaptiveSpray离子源结合时，timsTOF Pro可以从200 ng HeLa细胞消化液中常规识别出5000多个蛋白质组，以90分钟的梯度分离。

帕塞夫^®用于提高鸟枪蛋白质组学的吞吐量
惊人的速度可用于减少梯度时间和增加吞吐量，同时保持前所未有的分析深度。从用30分钟梯度分离的100 ng Hela细胞消化液中可鉴定出近4000个蛋白质组。

TIMS分离带来的显著灵敏度增加为低浓度样品提供了新的可能性。使用标准PASEF^®方法，通过额外调整，用60分钟梯度分离12 ng Hela细胞消化物，鉴定2900多个蛋白质组。

理想的临床蛋白质组学伴侣
帕塞夫^®最终使临床蛋白质组学成为现实。该系统的速度和灵敏度相结合，可从50ng注射液中以5分钟梯度分离出1400多个Hela细胞蛋白质组。