SRX软件
SRX软件定量分析
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分析
生物成像是一门定量学科
虽然图像本身可以给人留下深刻的视觉印象，并提供定性、描述性的信息，但生物成像更注重定量测量。定量测量使科学家能够测试和检验假设，并进行数据驱动的实验。
定位显微镜在一段时间内生成一组精确的分子位置数据。然后，该数据用于创建图像。定位数据允许直接定量分析样品中的分子位置，提供与基于图像的技术（如STED和SIM）完全不同的分析类型。
SRX软件中可用的测量类型
SRX软件提供了许多工具，允许用户基于对获取的定位数据的统计分析来执行测量。测量包括空间分布、聚类分析、共定位、分辨率分析、活细胞分析和生成用于建模的控制数据。
空间分布
检测定位数据空间分布的实验是一项基本分析，可以作为额外分析级别的先导。空间分布测量提供了有关细胞不同区域内定位密度的有价值信息。比较细胞区域之间的定位分布差异或同一细胞区域在不同治疗或条件下的差异，可以提供对分子组成的有用见解，并提供对理解途径和分子功能有价值的推论。用于分析分布的工具包括Ripley的K、对相关和最近邻。
聚类分析
分子通常形成团簇，通过空间分布分析很容易识别。在实验之前，通常根据其他光学显微镜方法（如共焦）的发现，假设或假设可能存在团簇。
存在于簇中的分子的重要性可能与其结构作用、功能作用或两者有关。集群可能在某些情况下形成，这与细胞内条件的变化有关。在不同条件下，团簇也可能改变组成。团簇的形成和组成也可能与其他团簇或分子有关（参见共定位）。
聚类分析提供对样本中观察到的聚类的更详细分析。“聚类分析”对话框允许用户设置聚类分析的参数，如粒子类型、聚类大小和粒子数，并具有显示功能以帮助可视化聚类形成，以及各种测量参数，用于查看和输出到.csv或.mat文件。集群可视化也可以显示在主SRX可视化窗口中，并可用于过滤数据。
聚类分析测量包括粒子计数、聚类面积、聚类密度、聚类大小（体积）、质心位置和PCA分析。
共定位
共定位是聚类分析和空间分析的自然延伸，允许用户检查不同类型分子的簇之间的关系以及不形成簇的分子之间的关系。
“簇分析”对话框允许用户配置不同簇类型分子的测量。输出显示共定位测量的图形显示、表格数据，以及在SRX可视化窗口中显示图像结果。共同本地化数据可以.csv和.dat格式输出。
共定位测量包括Mander重叠系数、强度相关商、成对相关、最近邻、联合直方图和Storm RLA聚类分析。
活细胞分析
活细胞实验通常需要量化粒子或簇（对象）随时间的位置变化。活细胞分析跟踪粒子位移并显示其随时间的移动。
然后可以从该数据生成距离、速度和角度分布直方图图，以协助分析。图形显示和运动图可以输出为图像，表格数据可以输出为.csv和.mat文件。
