上旋Python接口

Python是科学界最流行的编程语言。Python包索引(PyPI)是第三方Python软件的官方存储库,它包含超过290000个具有广泛特性的包。

Jython解释器(基于Python2.7)作为脚本和应用程序开发的标准组件,已经成为TopSpin的一部分20年了。Jython脚本在运行TopSpin用户界面的同一个Java虚拟机中执行。这提供了许多可能性,但也有一些局限性。

为什么不将TopSpin(核磁共振谱处理的标准软件)的功能与Python 3脚本结合起来,并利用所有可用软件包的功能?

TopSpin的新Python应用程序编程接口允许用户从任何Python 3.9+环境访问TopSpin,它是成熟的TopSpin Jython解释器的替代品,但不能取代它。

新功能

  • 高级数据分析
  • 数据挖掘
  • 出版物质量图像生成


以下功能可用

  • 参数的读取/写入
  • 读取数据向量、峰值列表、积分区域。。。
  • 辅助功能,如核磁共振数据搜索,数据集显示在上旋…
  • 执行任何上旋杆命令

数据访问目前仅限于一维和二维光谱。可以读取整个数据向量,也可以读取选定的部分,例如“ser”文件中的单个行,或二维光谱中的列。

在Python编程接口的开发过程中,特别强调用户友好性。尽可能使用熟悉的语法。例如,处理参数或向上旋杆发送命令使用与在上旋杆命令行中键入相同的语法。Python和Jython用于数据访问的接口是相同的。这允许为不同的用例共享代码。

可利用性


对于Windows和Linux的Topspin 4.1.3包括Python 3.9环境,预安装了Bruker Python包。还提供了文档和示例脚本。

免费评估许可证可按需提供。

图1 TopSpin作为服务Python3解betway手机客户端下载释器是一个独立的应用程序。因此,在Python应用程序和TopSpin之间架起桥梁的最简单方法是使用网络连接。Bruker已经实现了Python 3包,这些包连接到Topspin中的嵌入式web服务。通过这种方式,可以从Python脚本读取NMR数据,也可以执行上旋命令。

图2 80 MHz下吡啶的NMR滴定这是Python示例脚本的输出,用于评估使用Fourier 80光谱仪获得的滴定数据。Python脚本使用TopSpin API读取数据,并计算滴定曲线和Kb估计值。整个脚本(处理光谱,计算结果,并使用NumPy生成图像)大约有150行长。