TimstofPro 2

基于质谱（MS）的蛋白质组学是鉴定和定量数千种蛋白质的首选方法。但是，由于当前质谱仪的速度，灵敏度和分辨率有限，蛋白质组织的完整覆盖范围仍然具有挑战性。

The timsTOF Pro 2 uses the parallel accumulation serial fragmentation (PASEF^®）采集方法提供极高的速度和灵敏度，仅需要最小的样本量才能达到蛋白质组学的新深度。

捕获的离子迁移率（TIMS）是气相中首先是一种分离技术。除了高性能液相色谱（HPLC）和质谱法外，这可以通过分离的增加维度解决样品复杂性，从而增加了峰值容量和对复合表征的置信度。

同样重要的是，TIMS设备还积累了给定质量和迁移率的浓缩离子，从而实现了灵敏度和速度的独特提高。

通过双TIMS技术促进前部的积累，可以实现接近100％的占空比，而后部的离子则根据其迁移率依次释放。平行积累序列碎片的过程（Pasef^®) enables collisional cross section (CCS) analysis.

CCS-enabled analysis opens up many further analytical possibilities, from greater certainty of compound identification to confident library matching and lower false discovery rates (FDRs) in large datasets.

使用我们的最新一代TIMS分析仪和完全重新设计的不锈钢堆叠环离子指南（SRIG）引入TimStof Pro 2质谱仪。新设计可提供3倍的离子容量。一种用于离子预先调节和改进离子将四极的离子冷却多极以及进一步的简化离子光学元件，以从TIMS细胞到TOF分析仪的更有效的离子转移，进一步最大化离子传递和MS/ Pasef MS// Pasef MS/ Pasef MS/ Pasef多发性硬化症。

TIMS单元的独特设计意味着离子是根据TIMS分析仪的第二部分释放的，具体取决于其迁移率，而进一步的传入离子可以在TIMS分析仪的第一部分并行积累。
这种平行的积累技术实现了近100％的占空比，几乎没有离子损失。

重新设计MS/MS技术以满足蛋白质组学的速度要求。使用被困的离子迁移率光谱法分离肽离子，洗脱（约100 ms），并在飞行的四极时间（QTOF）中检测到，生成TIMS MS热图。在平行的积累串行碎片中（Pasef^®）方法使用了相同的TIM分离：四极杆在洗脱过程中分离出某种离子物种，并立即转移到下一个前体。父和片段光谱由迁移率值对齐。

PASEF^®technology can achieve a sequencing speed of >100 Hz and the MS/MS spectra quality of the low abundant peptides can be increased by selecting them several times.

PASEF^®：非常适合shot弹枪蛋白质组学
由Pasef提供动力的pro 2^®提供> 100 Hz的测序速度而不会失去灵敏度或分辨率。这是通过将四极隔离质量窗口与来自TIMS漏斗的特定肽包装的洗脱时间同步的。

需要最小的清洁
许多用于蛋白质组学应用的MS仪器需要每天24小时在大型样品队列上运行时每月清洁。性能退化是

在较短的时间段甚至更短的时间内。TimStof Pro 2的出色鲁棒性意味着可以在数周内24/7运行该仪器，而不会明显丧失灵敏度或其他性能指标。

PaSER (Parallel Search Engine in Real-time) is a combined hardware and software solution enabling fully integrated real-time database searches and results based sample queue management.

Paser以不妥协的速度（包括PTM搜索）提供了结果。通过利用基于GPU的搜索，Paser在无需使用简化算法或中间体的情况下以实时或离线模式提供相同的结果。这种毫不妥协的搜索速度使您可以在收购结束后几秒钟内获得结果，运行并完成！Paser有效地消除了大型样品队列和更大吞吐量引入的数据分析瓶颈。

Additionally, real-time LFQ quantification can also be performed across PaSER acquired data sets making the transition into quantitative proteomics instantaneous. Visualization of mobility offset mass aligned (MOMA) features using TIMS Viz allows the user to immediately identify and characterize isobaric and near-isobaric peptides that are only visible and identifiable by 4D-Omics.

dia-PASEF is both more sensitive and selective than traditional DIA approaches as it applies the PASEF principle to data independent acquisition, combining the advantages of DIA with the inherent ion efficiency of PASEF.

TIMS分离提高了选择性，排除了单一充电的前体从碎片化中，并通过从噪声中集中信号来清除样品。

DIA-PASEF利用分子量和CCS编码信息的CCS编码信息，可实现最自信的化合物识别。在整个LC-MS/MS DIA-PASEF中，创建一个完美的数据Cuboid，其中包含M/Z，离子迁移率（CCS），保留时间和强度。

使用可靠的SRIG（堆叠环离子指南）配置和新的优化标准DDA-PASEF方法Timstof Pro 2在单个Shot蛋白质组学中提供了前所未有的蛋白质组覆盖深度。从Aurora-25 cm柱中，从60分钟的梯度中的200 ng的Inhouse Hek胰蛋白酶摘要中，鉴定出7000多个蛋白质组和60,000肽。

TimstofPro 2 thus provides in-depth proteome coverages for everyday cell line proteome quantification experiments directly by database searching and matching between the runs without the need for any spectral library. Different database search strategies resulted in very comparable results. PaSER, enabling real time protein identifications, and MaxQuant resulted in similar ID numbers on both protein and peptide level.

In comparison with standard selected and parallel reaction monitoring (SRM and PRM), prm-PASEF increases the number of peptides that can be targeted in a single acquisition method, without compromising the selectivity or the sensitivity.

靶向质谱法（MS）是一种强大的技术，用于蛋白质组学实验中 - 例如，在大型样本队列中验证生物标志物候选物。与数据依赖性采集（DDA）和数据无关的获取（DIA）相比，这会提高灵敏度。该技术受到单个运行中测量的目标数量的必要折衷，液相色谱分离阶段的持续时间和整体灵敏度。只能通过在MS敏感性和选择性上进行更长的色谱分离或妥协来实现大量靶向肽的完整数据。

PRM-PASEF通过使用Bruker的TimStof Pro 2从分离的第四维中受益，从而增加了可以在单个采集中靶向的肽数量，从而提高了选择性和敏感性，从而增加了PaseF的速度以增加前体目标的数量。

使用低样品量的蛋白质组定量对于越来越多的生物学应用，例如专业细胞，稀有细胞群或细针吸入肿瘤活检至关重要。使用敏感质谱仪对这种低样品量的蛋白质组定量至关重要。从30分钟的Aurora-25 cm柱上测量的20 ng HeLa（Pierce）肽，Paser - 实时搜索引擎 - 鉴定了4200多个蛋白质基团，接近30,000个肽。

Data independent acquisition using standard dia-PASEF methods provides reproducible identifications in multiple runs. Three different dia-PASEF window schemes allow for the quantification of close to 8000 protein groups and more than 70,000 peptide sequences in 60 minute gradients using Aurora-25cm columns, while demonstrating quantitative precision.

基于CCS的近端磷酸化位点的定量
DIA-PASEF对Pro 2的高灵敏度，测序速度和可重复性甚至可以实现有限样品量的定量磷蛋白分析。从小鼠脑样品中获得的25μg总蛋白质可行，无标记的磷蛋白组定量可行。DIA-PASEF使用30个SPD（每天样品）EVOSEP方法对富集的磷酸肽进行分析，从而鉴定出三种富集重复的4473种独特的磷酸肽。这些结果对在针中的活检中的应用有了进一步的希望，并通过有关信号转导的信息来补充癌症蛋白质组学数据。结果由Stefan Tenzer教授提供。

分析样品量有限的细胞信号传导
At the point of chromatographic co-elution, quantification of phospho-peptide (p-peptide) isomers is not possible in traditional proteomics approaches without CCS information due to the isobaric nature and signal overlay. PASEF analyses from standard 150 μg TiO2-based enrichment workflows identifies 27,768 phosphopeptides, as shown on the right and reveals the benefits of ion mobility separation with Mobility Offset Mass Aligned (MOMA). From 1946 identified co-eluting isomers, 20% could be fully separated by TIMS, enabling a better understanding of proximal protein phosphorylation sites.