蛋白质的特性

全面的蛋白质和PTMs鉴定提出了几个挑战，包括最大化序列覆盖，检测低丰度的修饰肽，以及处理特定修饰如糖基化或磷酸化所遇到的片段化挑战。

最大化序列覆盖率
从蛋白质产品生产控制到散弹枪原生学实验中PTMs的映射，最大限度地提高序列覆盖是应用程序必须的。结合额外的离子迁移分离和timsTOF Pro的高质量质谱/质谱@ > 100 Hz，是最大限度地增加片段数和蛋白质序列覆盖的关键。例如，对于抗体或生物类似药物生产控制，使用timsTOF Pro可以在非常短的10分钟梯度中获得100%的重链和高链序列覆盖率。

从蛋白质产品生产控制到鸟枪蛋白质组学实验中PTMs图谱的绘制，最大限度地提高序列覆盖范围是必须的。

最大化MS / MS信息
与共振激发的CID不同，四极碰撞细胞中的CID产生更有活力和全面的破碎模式。肽段的序列信息可以直接从肽段的MS2谱中得到。timsTOF PRO还具有获得给定前体不同碰撞能量的独特能力，在分析糖肽类时产生最佳的糖聚糖和肽片段。