现在可以通过大规模使用精确的碰撞横截面（CCS）来利用Phox交联和TIMS/Pasef方法的交联质谱法（XL-MS）现在可以利用Phox交联和Pasef方法。
BILLERICA, Mass.--(BUSINESS WIRE)--布鲁克公司（NASDAQ：BRKR）今天宣布与乌得勒支大学（Utrecht University）进行合作，以通过质谱法对蛋白质的3-D结构和相互作用进行研究。乌得勒支大学（Utrecht University）的阿尔伯特·赫克（Albert Heck）实验室一直是蛋白质组学领域的领导者，质谱法对蛋白质结构和相互作用的研究已有二十年多了。理查德·施泰尔玛（Richard Scheltema）最近加入乌得勒支大学（Utrecht University），担任小组领导者，专注于结构和相互作用蛋白质组学的交联质谱（XL-MS）。
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乌得勒支大学的阿尔伯特·赫克（Albert Heck）（照片：商业资讯）
The collaborative work will focus on the development of TIMS (Trapped Ion Mobility Spectrometry) and PASEF (Parallel Accumulation Serial Fragmentation) methods, along with crosslinkers and XL-MS software for thetimsTOF Pro4D-Proteomics mass spectrometer, in order to take advantage of its unique large-scale, accurate CCS workflows. These have been described in the foundational paper “碰撞横截面辅助前体选择（CAPS-PASEF）的益处用于交联质谱法“，刚刚发表在分子和细胞蛋白质组学的突破性论文中。1
布鲁克（Bruker）计划将协作结果作为综合解决方案进行商业化，以研究蛋白质结构和使用XL-MS的相互作用。结合小说，富集的phox交联链2，由Heck和Scheltema开发，具有极高的速度和灵敏度Pasef在timsTOF Pro平台，可以发现更多的交联产品，这些产品产生有关蛋白质结构和相互作用的更多信息。高级分析软件是关键，因为XL-MS数据比典型的Shot-Gun蛋白质组学实验更为复杂，甚至更多。Scheltema正在努力实现创新xlinkxsoftware to process TIMS/PASEF data and making it available to the community oftimsTOF Pro用户。
乌得勒支大学的阿尔伯特·赫克说:“我们一个re delighted to work with Bruker on the further development of workflows for XL-MS that take advantage of the speed of PASEF and the unique large-scale, accurate CCS data to enhance the detection of crosslinks in XL-MS. We are excited by the initial results published in Molecular and Cellular Proteomics and look forward to advancing XL-MS even further. We are also interested in other applications of ion mobility separation and CCS on thetimsTOF Pro糖蛋白质组学和自上而下的蛋白质组学。”
Dr. Gary Kruppa, the Vice President of Proteomics at Bruker, said: “Having personally been involved in some of the conceptual work in XL-MS in 2001 at Sandia National Laboratory, I believe the advances made by Heck’s group will make this technique more routinely available for structural biology studies using thetimsTOF Pro. Our collaboration with Utrecht University will accelerate adoption of XL-MS within the broader structural and interaction proteomics community.”
乌得勒支大学（Utrecht University）的理查德·施泰尔玛（Richard Scheltema）表示：“我的小组打算通过使ccs-ware来推动Pasef的边界来增强XL-MS工作流程。我们在使用Xlinkx软件分析XL-MS数据的生物信息学方面做出了重大持续的努力。3,4我们很高兴能与开放的数据格式架构合作timsTOF Pro在Xlinkx中开发可以使用大规模，准确的CCS值来识别交联的代码，并进一步提高错误的发现率（FDR）计算。”
- 碰撞横截面辅助前体选择（CAPS-PASEF）的益处用于交联质谱法. Steigenberger B, van den Toorn H, Bijl E, Greisch JF, Räther O, Lubeck M, Pieters RJ, Heck AJR, Scheltema RA.,摩尔细胞蛋白质组学, 2020 Jul 21:mcp.RA120.002094. doi: 10.1074/mcp.RA120.002094. Online ahead of print.
- PHOX：一种易iMac的交联试剂。Steigenberger B，Pieters RJ，Heck Ajr，Scheltema RA。ACS Cent Sci。2019 Sep 25;5(9):1514-1522.
- 通过交联的质谱法对蛋白质组件的蛋白质组件分析。Liu F，Rijkers DT，Post H，Heck AJ。NAT方法。2015年12月12日（12）：1179-84。doi：10.1038/nmeth.3603
- Klykov, O., Steigenberger, B., Pektaş, S. et al. Efficient and robust proteome-wide approaches for cross-linking mass spectrometry. Nat Protoc 2018 Dec 13, 2964–2990.https://doi.org/10.1038/s41596-018-0074-x
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布鲁克（Bruker）使科学家能够做出突破性的发现，并开发新的应用，以改善人类生活的质量。布鲁克的高性能科学仪器以及高价值分析和诊断解决方案使科学家能够在分子，细胞和微观水平上探索生活和材料。必威手机客户端与我们的客户密切合作，布鲁克正在实现创新，提高生产力和客户在生命科学，应用和药物应用，显微镜和纳米分析以及工业应用以及细胞生物学，临床图，临床成像，临床成像，临床成像中的生产力和药物应用方面的成功。必威东盟体育现象学和蛋白质组学研究与临床微生物学。
关于乌得勒支大学的Heck-Lab＆Scheltema-Lab
阿尔伯特·赫克（Albert Heck）和理查德·舍尔特玛（Richard Scheltema）的研究小组嵌入了乌得勒支大学（NL）科学系中。该小组的很大重点是基于高级质谱蛋白质组学技术的开发和应用。该小组与蛋白质组学努力的补充，以基于质谱的结构生物学的专业知识，天然质谱和交联质谱法而闻名。该小组协调欧洲蛋白质组学研究基础设施（Epic-XS，Link epic-xs.eu），并领导着荷兰X-Momics倡议中的蛋白质组学核心（www.x-omics.nl）。
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