蛋白定量

非靶向蛋白质定量的典型挑战是周期时间（定义色谱峰分辨率）、用于确定肽量的离子的唯一性（选择性）和系统灵敏度（低丰度化合物的定量）。基于MS的方法提供了全面的定量结果，但重叠离子降低了这些工作流程的选择性。基于MS/MS（DIA）的定量以降低灵敏度为代价提供了优异的选择性。

TIMS-PASEF^®基于无标记定量（PASEF）^®-LFQ）结合了这两种方法的优点。TIMS提供了额外的分离维度，大大提高了选择性，而TIMS细胞的预浓缩效应提供了更高的灵敏度。PASEF^®与传统的DDA方法相比，周期时间与窄的纳米UHPLC峰兼容，而其速度（>100 Hz MS/MS）大大提高了母离子选择的再现性。
在这种情况下，timsTOF Pro独特的4D-MBR方法能够以前所未有的灵敏度克服缺失值问题。

在某些情况下，对于高度复杂的样品或短梯度分析，100 Hz MS/MS充满率不足以在大量分析中重复选择相同的离子

在这种情况下，可再现的碰撞截面测定（迁移率）可实现4D运行间匹配（MBR），最大限度地增加从无标签定量实验中定量的蛋白质数量，同时保持高通量样品分析的最高置信水平。最新的PEAKS和MaxQuant版本支持4D-MBR方法。阅读我们相应的LC-MS154申请须知.

走向未来：引入dia PASEF^®
对于数据独立采集（DIA），DIA PASEF^®利用分子质量和迁移率之间的相关性，以最密集的肽区为目标。额外的维度可提高选择性、提高灵敏度和缩短循环时间。有关dia-PASEF的更多信息^®突破4D蛋白质组学的极限™, 阅读我们的LC-MS157申请须知.

最大数量数据处理
MaxQuant是一款流行、功能强大的开源软件，完全支持PASEF^®-LFQ数据支持高级定量、可视化和报告。

高级软件支持
越来越多的高级蛋白质组学处理软件包现在直接读取timsTOF PRO原始数据：包括Skyline、基因数据、完整的蛋白质度量套件、吉祥物蒸馏器

峰值数据处理
PEAKS Studio以tims数据文件的高性能特征提取为动力，在基于肽的蛋白质鉴定、无标签定量和从头测序方面获得高质量的结果。多个复杂的可视化和导出功能允许用户查看、共享或细化多个蛋白质组学分析的结果。

timsTOF Pro在数千次注射中提供可持续性能的独特能力以及增强的LFQ性能使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键^®-LFQ方法已经得到一些最强大的软件套件的支持。