准确的相对蛋白质定量是定量蛋白质组学的基石之一。对于对生物组件或生物标志物面板进行发现实验至关重要。Bruker的蛋白质组学解决方案提供的速度,选择性,灵敏度和鲁棒性的独特组合允许用户获得更多蛋白质的可靠定量信息,同时从有限的数量和/或短渐变时间工作。
非靶向蛋白质定量中的典型挑战是循环时间(定义色谱峰分辨率),所选择的离子的唯一性以确定肽量(选择性)和系统敏感性(低丰度化合物的定量)。基于MS的方法提供综合定量结果,但重叠离子可降低这些工作流的选择性。基于MS / MS(DIA)基于的定量,以敏感性降低的成本提供出色的选择性。
TIMS-PASEF®based label-free quantitation (PASEF®-LFQ) combines the best of both approaches. TIMS provides both an additional dimension of separation, greatly increasing selectivity, while the preconcentration effect of the TIMS cell provides greater sensitivity. The PASEF®循环时间与窄纳米UHPLC峰兼容,而其速度(> 100Hzms / ms)大大提高了与传统DDA方法相比父离子选择的再现性。
在这种情况下,TimStof Pro的唯一4D-MBR方法允许以前所未有的灵敏度克服缺失的值问题。
在某些情况下,高度复杂的样本或短梯度分析,100Hz MS / MS补充速率不足以可重复地在大量分析上再现相同的离子
在这种情况下,可重复的群体横截面测定(移动性)能够在运行(MBR)之间的4D匹配,其最大化从标签无量化实验中量化的蛋白质数量,同时保持高通量样本分析的最高置信度。最新的峰值和最大版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应LC-MS154 application note。
Stepping into the future: introducing dia-PASEF®
对于数据独立获取(DIA),DIA-PASEF®利用分子量和迁移率之间的相关性以靶向密度肽区域。额外的维度导致选择性增加,灵敏度增加和循环时间较短。有关DIA-PASEF如何的更多信息®推动4d-proteomics™的限制,阅读我们的LC-MS157应用笔记。
MaxQuant data processing
MaxQuant,流行,强大,开源软件完全支持Pasef®-LFQ data enabling advanced quantitation, visualization and reporting.
Advanced software support
An increasing number of advanced proteomics processing software packages now directly read the timsTOF PRO raw data: this includes Skyline, Gene Data, the complete Protein Metrics suite, Mascot Distiller
峰值数据处理
Peaks Studio由TIMS数据文件的高性能特征提取供电,获得高质量的蛋白质识别,无标签定量和DONOVO测序。多重复杂的可视化和导出能力允许用户审查,分享或改进多种蛋白质组学分析的结果。
TIMSTOF Pro提供可持续性能的独特能力与数千次注射相结合,加强LFQ性能使系统成为高通量临床研究的理想平台。
数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键®-LFQ方法已经得到了一些最强大的软件套件。
仅供研究使用。不适用于临床诊断程序。