蛋白质的特性

全面的蛋白质和PTMs表征提出了几个挑战，包括最大化序列覆盖，检测低丰度修饰肽和处理特定修饰如糖基化或磷酸化遇到的碎片挑战。

最大化序列覆盖率
从蛋白质产品的生产控制到猎枪原生学实验中PTMs的映射，最大化序列覆盖是一个必须的应用。结合额外的离子迁移率分离和timsTOF Pro的高质量的质谱/质谱@ > 100 Hz是最大限度地增加片段肽的数量和蛋白质的序列覆盖的关键。例如，对于抗体或生物仿制药生产控制，使用timsTOF Pro可以从非常短的10分钟梯度中获得100%的重链和高链序列覆盖。

从蛋白质产品的生产控制到猎枪蛋白质组学实验中PTMs的映射，最大化序列覆盖是一个必须的应用。

最大化MS / MS信息
与共振激发的CID不同，四极碰撞细胞中的CID产生更有活力和更全面的碎裂模式。肽序列信息可以直接从磷酸肽MS2光谱中获得。timsTOF PRO还具有获得给定前体不同碰撞能量的独特能力，在分析糖肽时产生糖聚糖和肽部分的最佳片段。