猎枪蛋白质识别

深度与速度:猎枪蛋白质组学的突破

猎枪蛋白质组学的突破

深度和速度:猎枪蛋白质组学的突破

自底向上的蛋白质鉴定一直是生物质谱实验中要求最高的任务之一,要求结合峰值容量、速度和灵敏度,对高度复杂的消化蛋白混合物中尽可能多的肽段进行测序。timsTOF Pro独特的捕获离子迁移光谱(TIMS)能力增加了一个额外的分离维度,导致前所未有的峰值容量和灵敏度,并使PASEF®(并行积累串行碎片)工作流> 100Hz MS/MS没有灵敏度或分辨率损失,所有工作在100%占空比。

TIMS-PASEF解决方案

的TIMS-PASEF®的解决方案

一个复杂问题
在一个典型的散弹枪蛋白质组学实验中,使用纳米lc(通常使用2小时梯度)分离超过100万种蛋白质形式的肽,其浓度高达10个数量级。这对质谱仪来说是一个重大的挑战,因为质谱仪必须检测、分离和片段尽可能多的产生的肽。为了产生广泛的蛋白质鉴定信息,添加离子迁移率作为额外的分离维度,有可能显著增加峰值容量。但是,这不能损害速度或灵敏度。

TIMS-PASEF®
TIMS的独特设计使PASEF®方法,集中的离子包洗脱从离子移动电池的宽度2-5 ms,使ms / ms采集速度>100 Hz和占空比接近100%。因此,额外的分离是在速度和灵敏度的提高之上获得的,而TOF分析仪允许在所有MS和MS/MS速度下保持超高的MS/MS分辨率。

并行积累串行碎片(PASEF®)。PASEF®策略在timsTOF Pro仪器中,离子积累,而第二个TIMS区域是连续洗脱肽物种。

PASEF®用于深度蛋白质组学研究

带有PASEF®的timsTOF Pro具有优异的蛋白质鉴定性能和分析深度。当与nanoElute纳米流UHPLC和CaptiveSpray离子源结合时,timsTOF Pro可以从200 ng以90分钟梯度分离的HeLa细胞消化物中常规识别超过5000个蛋白质组。

PASEF®用于增加猎枪蛋白质组学的吞吐量
这种惊人的速度可以用于减少渐变时间和提高吞吐量,同时保持前所未有的分析深度。通过30分钟梯度分离100 ng的Hela细胞消化,可以鉴定出近4000个蛋白质组。

标准PASEF®方法:1.1秒的循环时间包含10个TIMS分离事件。每个TIMS分离事件平均执行12个MS/MS。

PASEF®提高蛋白质鉴定的敏感性

从TIMS分离得到的显著灵敏度提高为低浓度样品提供了新的可能性。使用标准的PASEF®方法,并附加调整,12 ng的Hela细胞消化分离,60分钟的梯度鉴定超过2900个蛋白组。

理想的临床蛋白质组学伴侣
PASEF®最终使临床蛋白质组学成为现实。该系统的速度和灵敏度结合在一起,可重复鉴定出超过1400个Hela细胞蛋白组,从50 ng的注射中以5分钟的梯度分离。

三蛋白质组混合物的无标记定量结果。总蛋白负荷150ng,梯度分离90min。使用MaxQuant进行处理。