4 d-proteomics™

随着timsTOF平台的引入,技术的下一步发展是通过使用TIMS耦合UHR-QTOF技术来增加气相离子分离的额外维度。这导致了3d蛋白质组学(保留时间、m/z和MS/MS指纹图谱)向4d蛋白质组学(添加固有CCS值)的转变。

4 d-mbr dia-PASEF

4 d-mbr dia-PASEF®:开创了4d蛋白质组学™领域

在timsTOF Pro和timsTOF fleX中添加离子迁移度维度比增加灵敏度、选择性和MS/MS采集速度带来更多的好处。独特的tims设计允许重复测量所有检测离子的碰撞截面(CCS)值,这些可用于进一步提高系统的选择性,使越来越多的可靠的相对定量信息从复杂的样品和短梯度分析。

4D-MBR:解决缺失值问题

4D-MBR:解决了短梯度LFQ实验的缺失值问题

DIA是解决价值缺失问题最广泛使用的收购策略。然而,使用该方法需要建立光谱库——当它涉及到一种不常见的生物时,这可能是及时和困难的——而传统的DIA方法太慢,无法兼容短梯度分析。在这种情况下,PASEF-LFQ提供了速度、灵活性和可靠性。尽管如此,即使使用> 100Hz的质谱/质谱,在每次分析中,一些肽段也可能不会被选择为片段,特别是当使用短梯度时。

已经开发了运行间匹配(MBR)方法来解决这个缺失值问题。MBR提取的强度信息,所有肽量化使用狭窄的m/z和保留时间窗口。这种滤波器的组合,以前认为不够具体,导致了不准确的比率测量。4D-MBR增加了一个额外的CCS过滤器到第一个m/z和保留时间,允许更大的特异性,如我们的应用笔记中所示151年质

4D-MBR应用于高通量血浆蛋白质组学结果定量192名患者和20个QC血浆样品消化,使用Evosep One LC系统以11.5 min梯度分离。(点击放大)

dia-PASEF

dia-PASEF®:使DIA分析更上一层楼

DIA与PASEF的结合®可以弥补传统的DIA缺陷:通过在连续时间事件内使用m/z隔离窗口的模式,在DIA - pasef中使用的离子百分比必威官网体育下载®可以大大增加(对于低复杂度样本,可达100%,对于高复杂度样本,仍比使用可比隔离窗口大小和m:z范围的传统DIA方法高5倍)。的dia-PASEF®循环时间可以减少,使其兼容短梯度分离,同时保持高选择性。它受益于tims空间浓度效应,允许增加的敏感性,并将DIA的选择性提高到一个新的水平,全4d蛋白质组学™支持。

dia-PASEF®现在可以使用OpenSwath和MOBI-DIK或Biognosys的Spectronaut软件来处理数据。通过阅读我们的申请笔记了解更多信息157年质160年质