基因组学研究
用vutara vxl成像3d的基因组
染色体的三维组织在染色体函数和基因表达中起着关键作用。染色体在染色体内和之间的区域基础上表现出结构差异。理解这些结构差异可能在理解正常和病理状态的理解染色体功能方面是有用的。理解染色体组织，染色体构象捕获测定的传统方法是能够提供来自数百万细胞的基因组的平均结构的集合测序技术。虽然这提供了普通细胞中DNA组织的良好概述，但由于数据收集的集合性质，它缺乏蜂窝环境。在亚染色体水平上可视化基因组组织和结构对于理解基因和环境之间的关系是必要的。
oligostorm和oligodna-paint
Based on the use of OligoSTORM (B. J. Beliveau et al., 2015), the laboratory of Ting Wu at Harvard University, in collaboration with Bruker, has developed a method for imaging and visualizing DNA sequences in specific chromosomal regions at the super-resolution level using the Vutara VXL (查看网络研讨会）。专门设计的寡核苷酸与染色体序列杂交。通过用次级寡核苷酸顺序标记样品，然后用定位显微镜成像，可以产生该标记区域的结构的3D图像。
orca成像
除了用于基因组成像的超分辨率工作流，vutara平台SRX软件通过分析，完全能够进行ORCA（染色质架构的光学重建）实验。orca，源于斯坦福大学的Alistair Boettigent的实验室，是一种宽阔的基因组成像技术，可用于观察小型基因组区域或单一基因，具有小的探针步骤尺寸（2-10kb）。While diffraction-limited, this method provides high sequence resolution because of smaller probe step sizes in comparison to OligoSTORM and allows for higher throughput studies due to the faster acquisition of widefield images compared to single-molecule localization data (L. J. Mateo et al., 2019).
使Vutara VXL成为理想基因组成像平台的关键功能：
- 专利双平面技术的三维定位-每个图像平面包含1 μm厚的切片
- 通过Z系列扩展轴向范围 - 扫描通过细胞中成像深度可达30μm的整个核
- 多核的多位置捕获
全面的可视化和分析
SRX软件提供一套完整的数据过滤和统计分析工具，用于执行各种各样的分析。聚类算法，如DBScan，光学和Delaunay分析可用于识别基因组数据的聚类。在星团确定后，可以进一步计算星团中的粒子、体积、球度比、粒子密度和旋转半径等指标。
SRX软件还配备了用于自动图像分割和ORCA数据集重建的分析工作流程。这包括产生与通过集合染色体构象捕获技术获得的Hi-C地图类似的距离和接触频率图。
综合应用流体学
通过超分辨率或宽地成像基因组需要标记大量探针，远远超过可用光谱明显的探针。因此，这些方法严重依赖于顺序标记策略。满的整合流体与Vutara和SRX可用于所有顺序标签的需要。
SRX软件已被优化以满足此要求苛刻应用的要求。关键步骤是实施微流体控制，以便执行顺序标记步骤。SRX Microfluidics控制模块允许用户使用每个流体步骤的无限数量缓冲液和试剂产生流体序列，以及每实验的无限数量。SRX为每个步骤中的本地化分配用户定义的颜色，在可视化和分析期间，整个数据集合并。可以可视化和分析无限数量的步骤。
