shot弹枪蛋白识别

深度和速度:shot弹枪蛋白质组学的突破

shot弹枪蛋白质组学的突破

深度和速度:shot弹枪蛋白质组学的突破

自下而上的蛋白质鉴定一直是生物MS实验的最苛刻的任务之一,需要从高度复杂的消化蛋白混合物中结合峰值,速度和敏感性对序列尽可能多的肽。TIMSTOF PRO的独特离子移动光谱(TIMS)能力增加了分离的额外尺寸,从而导致了前所未有解决方案损失,全部以100%的占空比运行。

TIMS-PASEF解决方案

Tims-Pasef®解决方案

一个复杂的问题
在典型的shot弹枪蛋白质组学实验中,来自超过一百万个蛋白质成型的肽通常使用2小时的梯度通过纳米LC分离浓度多达10个数量级。对于必须检测,隔离和碎片的质谱仪,尽可能多的质谱仪的质谱仪是一项重大挑战。为了生成广泛的蛋白质识别信息,将离子迁移率作为分离的额外维度,具有显着增加峰值能力的潜力。但是,这不能损害速度或灵敏度。

TIMS-PASEF®
Tims的独特设计使Pasef®其中的方法是从离子迁移率细胞中浓缩的离子宽度为2-5 ms的方法,可实现MS/MS采集速度> 100 Hz,而占空比100%接近。因此,在速度和灵敏度的提高之上获得了额外的分离,而TOF分析仪则可以在所有MS和MS/MS速度下保持超高的MS/MS分辨率。

平行积累串行碎片(Pasef®)。PASEF®策略在timstof Pro仪器中积累了离子,而第二个TIMS区域正在串行洗脱肽物种。

Pasef®用于深度蛋白质组学研究

带有pasef的timstof pro®导致出色的蛋白质识别性能和分析深度。当与纳米纳米流量UHPLC和CaptivesPray离子源结合时,Timstof Pro可以常规地识别从200 ng的HeLa细胞消化物中识别出与90分钟梯度分离的HeLa细胞消化物中的5000多个蛋白质组。

Pasef®shot弹枪蛋白质组学中的吞吐量增加
现象速度可用于减少梯度时间和增加吞吐量,同时保持前所未有的分析深度。可以从用30分钟梯度分离的100 ng的HeLa细胞消化物中鉴定出接近4000个蛋白质基团。

标准PASEF®方法:1.1第二周期时间包含10个TIMS分离事件。在每个TIMS分离事件中,平均每次执行12 ms/ms。

Pasef®增加蛋白质识别灵敏度

来自TIMS分离的显着敏感性增加为低浓度样品提供了新的可能性。使用标准PASEF®方法,带有其他调整,12 ng的HeLa细胞消化物与60分钟的梯度分离,鉴定出2900个蛋白质基团以上。

理想的临床蛋白质组学伴侣
Pasef®最终使临床蛋白质组学成为现实。该系统的速度和灵敏度的组合可重复地识别从50 ng注射的1400多个HELA细胞蛋白基团,该注射与5分钟梯度分离。

三蛋白酶混合物的无标签定量结果。总蛋白质负荷为150ng,用90分钟的梯度分开。Maxquant用于处理。