超分辨率显微镜

SRX软件

测量分析,帮助研究人员快速和容易地分析分子定位数据收集

SRX软件定量分析

获取和本地化→

可视化→

分析

生物成像是一门定量学科

虽然图像本身可以在视觉上令人印象深刻,并提供定性的、描述性的信息,但生物成像更注重定量测量。定量测量使科学家能够测试和检验假设,并进行数据驱动的实验。

定位显微镜在一段时间内生成一系列精确的分子定位数据。然后使用这些数据创建图像。定位数据允许对样品中的分子位置进行直接定量分析,与基于图像的技术(如STED和SIM)相比,提供了一种完全不同的分析类型。

SRX接口与聚类分析,测量模式,和图形。

SRX软件中可用的测量类型

SRX软件提供了许多工具,允许用户根据获取的定位数据进行统计分析来进行测量。测量包括空间分布,聚类分析,共定位,分辨率分析,活细胞分析和生成控制数据建模。

空间分布

检验定位数据的空间分布的实验是一种基本的分析,可以作为进一步分析的先导。空间分布测量提供了关于细胞不同区域内定位密度的有价值的信息。比较细胞区域间的定位分布差异,或同一细胞区域在不同处理或条件下的差异,可以为分子组成提供有用的见解,并为理解通路和分子功能提供有价值的推论。用于分析分布的工具包括Ripley 's K, Pair Correlation和Nearest Neighbors。

聚类分析

分子往往形成簇,通过空间分布分析很容易识别。簇的潜在存在通常是在实验之前假设或假设的,这是基于其他光学显微镜方法(如共聚焦)的发现。

分子在团簇中存在的意义可能与其结构作用、功能作用或两者兼有有关。集群可能在某些情况下形成,这与细胞内条件的变化有关。在不同的条件下,集群也可能改变组成。团簇的形成和组成也可能与其他团簇或分子有关(见共定位)。

聚类分析提供了对在一个示例中观察到的聚类的更详细的分析。聚类分析对话框允许用户设置聚类分析的参数,如粒子类型、聚类大小和粒子计数,并具有显示功能,帮助可视化聚类的形成,并具有多种测量参数,可查看和输出到.csv或.mat文件。集群可视化还可以显示在主SRX可视化窗口中,并可用于过滤数据。

聚类分析测量包括颗粒计数、聚类面积、聚类密度、聚类大小(体积)、质心位置和主成分分析。

Co-localization

共定位是聚类分析和空间分析的自然延伸,允许用户查看不同类型分子的聚类关系以及未形成聚类的分子之间的关系。

聚类分析对话框允许用户为不同的分子聚类类型配置测量值。输出显示共同定位测量的图形显示,表格数据,以及显示图像结果在SRX可视化窗口。共本地化数据可以输出。csv和。dat格式。

共定位测量包括Mander重叠系数、强度相关系数、对相关、最近邻、联合直方图和Storm-RLA聚类分析。

Live-Cell分析

活细胞实验经常需要量化粒子或簇(对象)随时间的位置变化。活细胞分析跟踪粒子位移并显示它们随时间的移动。

然后可以从这些数据生成距离、速度和角度分布直方图,以辅助分析。图形显示和移动图形可以作为图像输出,表格数据可以输出为.csv和.mat文件。