超分辨率显微镜

SRX软件

测量分析以帮助研究人员快速轻松地分析所收集的分子定位数据

使用SRX软件进行定量分析

获得和本地化→

可视化→

分析

生物成像是一种定量学科

虽然图像本身可以视觉上令人印象深刻并提供定性,描述性信息,生物成像在定量测量上更加注重。定量测量允许科学家测试和检查假设并进行数据驱动的实验。

定位显微镜在一段时间内产生精确的分子位置数据集。然后使用此数据来创建图像。本地化数据允许对样品中的分子位置进行直接定量分析,提供比SED和SIM等基于图像的技术的基本不同类型的分析。

具有群集分析,测量模式和图形的SRX接口。

SRX软件中可用的测量类型

SRX软件提供了许多工具,以允许用户基于所获取的本地化数据的统计分析来执行测量。测量包括空间分布,集群分析,共定位,分辨率分析,实时细胞分析和用于建模的控制数据的产生。

空间分布

实验检查本地化数据的空间分布是一个基本分析,并且可以是额外分析水平的前体。空间分布测量提供关于细胞不同区域内的本地化密度的有价值的信息。跨处理或条件相同细胞区域的细胞区间或差异之间的定位分布差异的比较可以提供对分子组成的有用的见解,并提供有价值的途径和分子功能的推断。提供用于分析分布的工具包括Ripley的K,对相关和最近的邻居。

聚类分析

分子通常形成簇,通过空间分布分析很容易辨别。基于与共聚焦等其他光学显微镜模型的发现,通常假设或假设簇的潜在存在或假设。

存在于簇中的分子的重要性可能与其结构作用,其功能作用或两者有关。在某些情况下可能形成群集,这与细胞中的条件的变化有关。群集也可能在不同条件下改变组成。簇形成和组合物也可以与其他簇或分子有关(参见共定位)。

群集分析提供了对样本中观察到的簇的更详细分析。群集分析对话框允许用户设置群集分析的参数,例如粒子类型,群集大小和粒子计数,并且具有帮助可视化群集形成的显示功能,并具有各种测量参数,用于查看和输出到.csv或者.mat文件。群集可视化也可以显示在主SRX可视化窗口中,可以用来过滤数据。

群集分析测量包括粒子计数,集群区域,群集密度,簇大小(体积),质心位置和PCA分析。

共同定位

共定位是集群分析和空间分析的自然延伸,并且允许用户检查不同类型分子的簇的关系以及不形成簇的分子的关系。

群集分析对话框允许用户配置不同群集类型的分子的测量。输出显示了共同定位测量,表格数据的图形显示,以及在SRX可视化窗口中显示图像。可以在.csv和.dat格式中输出共定位数据。

共定位测量包括Mander的重叠系数,强度相关商,对相关,最近邻居,联合直方图和Storm-RLA集群分析。

活细胞分析

活小区实验通常需要随时间量化粒子或簇(物体)的位置变化。Live Cell分析跟踪粒子位移并随着时间的推移显示它们的运动。

然后可以从该数据生成距离,速度和角度分布直方图图以帮助分析。图形显示和移动图可以作为图像输出,并且表格数据可以作为.csv和.mat文件输出。