蛋白质定量

准确的相对蛋白质定量是定量蛋白质组学的基石之一。对生物组装或生物标志物板发现实验的正确理解至关重要。

量化更多蛋白质

开发以满足样本限制和吞吐量的需求

准确的相对蛋白质定量是定量蛋白质组学的基石之一。对生物组装或生物标志物板发现实验的正确理解至关重要。Bruker的蛋白质组学解决方案提供的速度,选择性,灵敏度和鲁棒性的独特组合使用户可以在有限量和/或短梯度时间工作时获得更多蛋白质的可靠定量信息。

Pasef®-LFQ和跑步之间的4D匹配(MBR):从两个世界中获得最好的

非靶向蛋白质定量的典型挑战是循环时间(定义色谱峰分辨率),选择以确定肽量(选择性)和系统敏感性(低充血化合物的定量)的离子的唯一性。基于MS的方法提供了全面的定量结果,但重叠离子降低了这些工作流的选择性。基于MS/MS(DIA)定量以降低灵敏度的成本提供了极好的选择性。

TIMS-PASEF®based label-free quantitation (PASEF®-LFQ) combines the best of both approaches. TIMS provides both an additional dimension of separation, greatly increasing selectivity, while the preconcentration effect of the TIMS cell provides greater sensitivity. The PASEF®与传统的DDA方法相比,周期时间与狭窄的纳米-UHPLC峰兼容,而其速度(> 100 Hz MS/MS)极大地提高了父离子选择的可重复性。
在这种情况下,Timstof Pro的独特4D-MBR方法允许以前所未有的灵敏度克服缺失的价值问题。

三蛋白酶混合物的无标签定量结果。总负荷为150 ng,用60分钟的梯度分开。PeakSX用于处理,Perseus用于显示。

输入第四维

在某些情况下,高度复杂的样品或短梯度分析,100 Hz MS/MS的补充速率不足以重复可重复选择相同的离子,而不是大量分析

在这种情况下,可再现的碰撞横截面确定(迁移率)使运行(MBR)之间的4D匹配能够最大程度地利用从标签的免费定量实验中量化的蛋白质数量,同时维持高吞吐量样品分析的最高置信度。最新的峰和最大版本支持4D-MBR方法。阅读我们的相应LC-MS154 application note

Stepping into the future: introducing dia-PASEF®
对于数据独立获取(DIA),DIA-PASEF®利用分子质量与迁移率之间的相关性,以靶向最密集的肽区域。额外的尺寸导致选择性提高,灵敏度提高和较短的周期时间。有关DIA-PASEF的更多信息®推动4D-Pototomics™的极限,请阅读我们的LC-MS157申请注释

DIA-PASEF®Quant结果(使用Biognosys的Spectronaut™处理)蛋白质水平定量结果,用于在3个蛋白酶消化物上进行无标签实验。可以识别和量化超过8500个蛋白质覆盖5个数量级的蛋白质。

高级蛋白质组学处理软件

MaxQuant data processing
麦克奎特(Maxquant),受欢迎的,功能强大的开源软件完全支持Pasef®-LFQ data enabling advanced quantitation, visualization and reporting.

Advanced software support
An increasing number of advanced proteomics processing software packages now directly read the timsTOF PRO raw data: this includes Skyline, Gene Data, the complete Protein Metrics suite, Mascot Distiller

峰值数据处理
Peaks Studio由TIMS数据文件中的高性能特征提取,从而获得了基于肽的蛋白质识别,无标签定量和DENOVO测序的高质量结果。多个复杂的可视化和输出能力使用户可以通过多种蛋白质组学分析来审查,共享或完善结果。

准备高通量临床研究

Timstof Pro的独特能力能够提供数千种注射量与增强的LFQ性能相结合的可持续性能,使该系统成为高通量临床研究的理想平台。

数据处理是蛋白质定量和PASEF的关键®-LFQ方法已经得到了一些最强大的软件套件的支持。

Evosep One/timsTOF Pro for clinical proteomics: reproducibility and performance level of 100 consecutive injections of 50 ng of an Hela cell digest separated with a 6 min gradient (200 samples/day method. Left: intensities correlation for the 100 runs. Middle: Illustration of LFQ outcome. Right: reproducible measurement of species with various concentration levels.