MetaboScape^®

MetaboScape^®使用统一的工作流程来处理来自Bruker公司ESI和MALDI成像仪器的非目标分析，简化了步骤数量，并快速确定和识别生物标志物。

MetaboScape^®可用于多个应用领域，包括发现代谢组学、脂质组学、表型组学、食物组学、环境和制药，并为用户提供灵活性，以支持从基本ID到高级统计的工作流程。

• MetaboScape^®其强大的T-ReX算法包括保留时间对准、去同位素和特征提取，以确保稳健的数据处理
• 目标化合物可以使用用户定义的分析列表自动注释
• 未知的ID管道，包括库匹配和在网上碎片化以方便未知的ID
• 使用监督和非监督统计数据可视化复杂数据集中的相关信息，包括PCA, t检验，方差分析，PLS和桶相关分析
• 标注质量(AQ)评分，提供数据质量的五个指标
• 在生物环境中设置已识别的代谢物的路径映射，从而将数据转化为知识
• 利用局部代谢物预测鉴定药物和外源性代谢物
• 批量校正以抵消大样本队列中的样本效应
• 时间序列图来调查代谢物随时间的变化
• 专用脂质组标注工具，包括基于规则的标注、4D Kendrick质量缺陷图、ccpredict
• 为了简化已知的识别，MetaboScape^®支持代谢酶个人库，HMDB代谢物库，Bruker Sumner代谢酶植物库(包括>130化合物的CCS值)，以及定制库
• 自定义数据导出到适合导入的文件格式国民生产总值(全球天然产品社会分子网络)
• 客户端-服务器架构，支持快速数据处理和多个用户共享方法和访问共享数据集
• MetaboScape中的半目标工作流^®与目标工作流程配合使用绝对量化TASQ^®

非靶向分析的目的是识别特定生理状态或样本的特征。由于没有单一的工作流来访问所有化合物的动态时间和空间指纹，因此需要评估来自互补平台的数据。MetaboScape^®通过对ESI和MALDI成像的互补数据进行评估，并在其生物学背景下自信地分配相关标记来解决这些需求。

通过综合工具，如基于准确质量的前体和片段的分子式测定(SmartFormula3D)，本地和公共数据库的搜索(CompoundCrawler)，在网上碎片与理论匹配的测量MS/MS (MetFrag)和MS/MS桶匹配的化学相关化合物的鉴定。

未知的ID管道:
A) SmartFormula3D通过自动匹配精确的质量和同位素模式片段和前体离子信息，将可能的前体分子式限制为典型的一个或几个候选分子式。
B)在本地和公共数据库中查询候选公式返回可能的结构候选。
C)在网上使用实现的MetFrag功能的碎片将理论碎片结构与测量的MS/MS峰值和最可能的结构得分相匹配。
D)可选的质谱/质谱桶匹配能够分配具有相似质谱/质谱的化合物，以进一步识别可能未知但结构可能相似的化合物。

药物代谢物的鉴定不仅是药物研究的热点，而且在代谢组学、表型组学、暴露组学和非靶标筛选工作流程等方面也引起了越来越多的关注。这里预计会出现药物或农药、毒物或麻醉品等其他外生物质的代谢物，它们可能属于未知的所谓深色代谢物家族。

MetaboScape^®支持本地BioTransformer¹利用SpatialOMx工作流，基于代谢物预测来分配这些来自液体样本和直接来自组织的代谢产物。此外，这些代谢物的时间变化可以通过综合时间序列图进行跟踪和半量化。

^{([1] djoumbu - feunang et al.;中国生物化学学报，2019,29(6):762 - 762。}

MetaboScape中基于规则的注释例程^®根据脂质组学标准倡议(LSI)的指导方针，使脂质物种的识别成为可能。这种脂类(LC)注释工具避免了过度注释的风险，简化了脂类特征的自动识别。

MetaboScape^®可以计算和可视化肯德里克质量缺陷，转向复质谱信息成一个的地图与信息性点聚类基于脂质特异性同源重复单元(如CH₂）．可定制的4D Kendrick质量缺陷图允许直观的脂质ID验证。提取的特征的各种特征可以在4个维度(x轴、y轴、颜色比例和气泡大小)中绘制，允许多种应用程序。

• 策划保留时间vs m/z揭示了不同脂类的分离使用不同的颜色为不同的脂质类．使用这种颜色编码，您可以很容易地发现与相同脂类的其他脂类相比，在保留时间或CCS上有明显偏差的注释。
• 策划m / z vs CCS，你可以通过观察不同链长和双键数的脂质在CCS中的变化趋势来进一步询问脂质数据。这些趋势可以用来确认脂类id协助在注释的未知数和帮助去除假阳性．
  
• 用CH形象化Kendrick质量缺陷₂指定为重复单位，允许快速调查脂类的饱和和链长一致性选定的类。此外，所示的被标注为三酰基甘油(TGs)的脂类的例子揭示了使用反相色谱法的预期洗脱顺序，以及充分利用所有四个互补维度的CCS值的增加趋势。
  

代谢组学和脂质组学分析的主要要求是快速查明和识别那些由于干扰或疾病而发生变化的化合物。匹配保留时间、前体质量、同位素模式和MS/MS谱是评价复合注释可信度的常用标准。PASEF^®数据采集timsTOF职业每秒提供数百个MS/MS事件，从而在单个分析中实现更深必威官网体育下载入的片段覆盖。此外,PASEF^®光谱得益于离子迁移率分离，因此使用动态迁移率过滤器可以获得更干净的MS/MS光谱。每个MS值与碰撞截面(CCS)值相辅相成，以给出分析物形状的测量，为ID提供进一步的可信度。

结合SCiLS™实验室软件，T-ReX²授权spatialomx为基础的非靶向分析处理和注释特征，包括药物代谢物，脂质和聚糖。首次使用这种T-ReX³的独特组合对分析物进行空间映射，并将其与化合物的ccs感知注释相结合，从而实现使用timsTOF fleX系统上的MALDI Imaging对化合物进行更高置信度的注释。

色谱法的自由mrm aXelerate工作流通过在表型研究中省去耗时的色谱，提供更高的样品吞吐量。化合物是易于获得的，不易检测的LC-MS分析，允许靶向和非靶向代谢组学方法。MetaboScape®中的T-ReX 2D数据提取为FIA MRMS数据的自动注释提供了信心。新型scimaX MRMS系统的质量分辨率达到>1百万，质量精度<0.2 ppm。超高分辨率使您能够利用同位素精细结构，明确确定元素组成。这为化合物ID在非靶向代谢组学中的应用增加了一层信心。