变形金刚^®

变形金刚^®使用统一的工作流处理来自Bruker的ESI和MALDI成像仪器的非目标分析，简化了步骤数量，并快速定位和识别生物标志物。

变形金刚^®可跨应用领域使用，包括发现代谢组学、脂质组学、表型组学、食品组学、环境和制药，并为用户提供了支持从基本ID到高级统计数据的工作流的灵活性。

• 变形金刚^®强大的T-ReX算法包括保留时间对齐、去同位素和特征提取，以确保稳健的数据处理
• 目标化合物可以使用用户定义的分析物列表自动注释
• 未知ID管道，包括库匹配和生物信息学分段以方便未知ID
• 使用有监督和无监督统计（包括主成分分析、t检验、方差分析、偏最小二乘法和桶相关分析）可视化复杂数据集中的相关信息
• 注释质量（AQ）评分提供五个数据质量指标
• 在生物环境中设置已识别代谢物的路径映射，从而将数据转化为知识
• 利用局部代谢物预测识别药物和外源代谢物
• 批量校正以抵消大样本队列中的样本效应
• 研究代谢物随时间变化的时间序列图
• 专用的脂质组学注释工具，包括基于规则的注释、4D Kendrick质量缺陷图和ccpredict
• 为了简化已知的识别，MetaboScape^®支持MetaboBASE个人库、HMDB代谢物库、Bruker-Sumner MetaboBASE植物库（包括>130种化合物的CCS值）以及自定义库
• 自定义数据导出到适合导入的文件格式国民生产总值(全球天然产品社会分子网络)
• 客户机-服务器体系结构，支持快速数据处理和多用户共享方法和访问共享数据集
• MetaboScape中的半目标工作流^®与目标工作流齐头并进，使用TASQ^®

非目标分析的目的是识别特定生理状态或样本的特征。由于没有单一的工作流程来访问所有化合物的动态时间和空间指纹，因此需要评估补充平台的数据。MetaboScape^®通过允许对ESI和MALDI成像的补充数据进行评估，以及在其生物学背景下自信地分配相关标记，满足这些需求。

通过集成工具支持未知化合物的识别，如基于前体和片段准确质量的分子式测定（SmartFormula3D）、本地和公共数据库搜索（CompoundCrawler），生物信息学碎片匹配理论MS/MS (MetFrag)和MS/MS桶匹配鉴定化学相关化合物。

未知的ID管道:
A） SmartFormula3D通过自动匹配精确的质量和同位素模式片段和前体离子信息，将可能的前体分子公式限制为通常一个或几个候选分子。
B） 查询本地和公共数据库中的候选公式将返回可能的结构候选。
（C）生物信息学使用实现的MetFrag功能的碎片匹配理论碎片结构测量的MS/MS峰值和分数最可能的结构。
D)可选的MS/MS桶匹配能够指定具有相似MS/MS光谱的化合物，用于进一步鉴定可能未知但结构相似的化合物。

药物代谢物的鉴定不仅是药学研究的重要内容，而且在代谢组学、表型组学、暴露组学和非靶点筛选工作流程中也得到了越来越多的关注。在这里，预计会出现药物或其他外源性物质（如杀虫剂、毒物或麻醉剂）的代谢物，这些代谢物可能属于未知的所谓暗代谢组化合物家族。

变形金刚^®支持本地生物变压器^1.利用SpatialOMx工作流，对来自液体样本和直接来自组织的这些代谢产物进行分配。此外，这些代谢物的时间变化可以通过综合时间序列图进行跟踪和半定量。

^{（[1]Djoumbou-Feunang等人，《化学信息学杂志》，2019年，11:2）。}

MetaboCape中基于规则的注释例程^®考虑到脂质组学标准倡议（LSI）指南，能够识别脂质种类。这种脂质类（LC）注释工具避免了过度注释的风险，简化了脂质特征的自动识别。

变形金刚^®可以计算和可视化肯德里克质量缺陷，转向复质谱信息成一个构图具有点的信息聚类基于脂质特异性同源重复单位（如CH_2.). 可定制的4D Kendrick质量缺陷图允许直观的脂质ID验证。提取的特征的各种特征可以在4维（x轴、y轴、色阶和气泡大小）中绘制，允许多种应用。

• 策划保留时间vs m/z揭示了不同脂类的分离使用不同颜色对于不同的脂质类．使用这种颜色编码，您可以很容易地发现与相同脂类的其他部分相比，在保留时间或CCS方面存在明显偏差的注释。
• 策划m/z与CCS，你可以通过观察观察到的CCS趋势来进一步查询脂质数据，这些趋势来自于脂质链长和双键数的差异。这些趋势可以用来确定脂类的类型帮助在未知数注释帮助去除假阳性．
  
• 用CH可视化Kendrick质量缺陷_2.指定为重复单位可以快速调查所选类别的脂质种类，以确定饱和度和链长的一致性。此外，所示注释为三酰甘油（TGs）的脂质示例揭示了使用反相色谱法的预期洗脱顺序，以及充分利用所有4个互补维度的CCS值的增加趋势。
  

代谢组学和脂质组学分析的一个主要要求是快速精确定位和识别由于扰动或疾病而发生变化的化合物。匹配保留时间、前体质量、同位素模式和MS/MS光谱是评估化合物注释可信度的常用标准。帕塞夫^®计算机上的数据采集timsTOF职业每秒提供数百个MS/MS事件，从而在单个分析中获得更大必威官网体育下载的片段覆盖深度。此外,PASEF^®光谱得益于离子迁移率分离，因此使用动态迁移率滤波器可以获得更干净的质谱/质谱。每个MS值都辅以一个碰撞截面(CCS)值，以测量分析物的形状，进一步提供ID的可信度。

结合SCiLS™ 实验室软件T-ReX²支持基于SpatialOMx的非靶向分析，用于处理和注释特征，包括药物代谢物、脂质和聚糖。首次使用这种独特的T-ReX³组合在空间上绘制分析物图，并将其与化合物的CCS感知注释相结合，以实现对使用timsTOF fleX系统上的MALDI成像获得的化合物的更高置信度注释。

色谱法是免费的MRMS aXelerate工作流在物候学研究中省去耗时的色谱法，从而提供更高的样本吞吐量。通过LC-MS分析不易检测到的化合物是可获得的，允许采用靶向和非靶向代谢组学方法。MetaboCape®中T-ReX 2D的数据提取为FIA MRMS数据的自动注释提供了信心。新型scimaX MRMS系统可以显示其卓越性能，质量分辨率>100万，质量精度<0.2 ppm。超高分辨率使您能够利用同位素精细结构来明确测定元素组成。这为非靶向代谢组学中的化合物ID增加了另一层信心。